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Le terme « hétérodoxe » vient du grec ἕτερος héteros (autre) et δόξα dóxa (opinion). Au sens littéral, il signifie donc « qui pense d'une autre manière (que la manière habituelle, dominante) ».
C'est dans le domaine de la religion, en particulier dans le christianisme, que le mot « hétérodoxe » prend un sens déterminant. Mais lorsque le monde occidental se sécularise, il s'applique à différents domaines de la vie publique.
La notion d'hétérodoxie, proche de celle d'hérésie, apparaît à chaque crise dogmatique. Le cas se présente tout au long de l'histoire du christianisme. Ces moments critiques conduisent à la pratique de conciles métropolitains puis à la construction du canon biblique.-
Le monde s'étant peu à peu sécularisé à partir de la Renaissance, l'économie joue un rôle majeur dans les sociétés modernes, principalement depuis les théories d'Adam Smith. L'idée qu'il existerait a priori une bonne façon de gouverner contribue alors à développer une orthodoxie dans le champ des sciences économiques, ce qui ne tarde pas à provoquer, par compensation, une hétérodoxie.