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Jean Fernel ou Jean François Fernel (en latin Joannes Fernelius[1]), est un médecin français, né vers 1506[2] à Montdidier dans la Somme[3], mort le à Paris[4]. Il était aussi astronome et mathématicien.
Il commence par étudier avec passion les mathématiques et l'astronomie, se livre ensuite à la médecine, et acquiert bientôt une telle célébrité qu'Henri II le nomme premier médecin du roi. Fernel enseigne les mathématiques au collège des Lombards et publie un ouvrage sur cette science (De proportionibus, 1526), ainsi que deux livres d’astronomie (Monalosphaerium et Cosmotheoria, 1528). Il tente de mesurer un arc d'un degré sur la surface terrestre[5].
Abandonnant sa chaire de philosophie, peut-être sur les instances de son beau-père, il se consacre entièrement à la médecine. Il est reçu docteur de la faculté de Paris en 1530 et y professe en 1534. Sa renommée de praticien lui vaut de soigner Diane de Poitiers, Henri II de Navarre et Catherine de Médicis ; il les guérit.
Premier médecin du Roi, il l'accompagne au Siège de Calais (1558). Après leur retour à Fontainebleau, la femme de Fernel l'y rejoint mais décède subitement, ce qui lui cause un profond chagrin. Malade, il meurt à Paris environ un mois après ; sa tombe était à l'église Saint-Jacques-la-Boucherie[6]. Ils laissent deux filles, dont l'ainée est mariée avec un certain Barjot, président du conseil du roi et maître des requêtes ; l'autre se mariera avec Gilles de Riant, président à mortier au parlement de Paris[7].
Fernel traita son élève Guillaume Plançon en ami et le prit pour commensal. Plançon écrit la première version des œuvres de Fernel[8]. Il est aussi l'auteur des notes et de la vie de Fernel, qui précède les traités, dans les premières éditions.
Fernel, un des plus célèbres médecins de son siècle, est l'auteur d'Universa medicina, où il classe méthodiquement les connaissances médicales. Cet ouvrage comprend trois parties.
On reconnaît à Fernel la création du terme « physiologie ». Mais on doit surtout remarquer, comme le fait Sherrington, que son ouvrage de physiologie est le premier traité dans ce domaine depuis Galien (plus de treize siècles). Il devient la référence, et ne deviendra démodé qu'après l'acceptation de la théorie de la circulation du sang de Harvey[9].
Quant à la pathologie, Fernel, écrit Cumston, « tout en acceptant la tradition de Galien, désirait réformer l'étude de la pathologie, dans laquelle il comprenait l'étude des causes des maladies et de leurs symptômes. Mais ce ne fut que beaucoup plus tard, avec Gaubius et Astruc, que la séméiologie prit réellement sa place dans la pathologie, et cela bien que divers traités aient été écrits sur le sujet durant le 16e siècle[10]. » Fernel, en tant que précurseur, s’oppose donc à la médecine nouvelle de Michel Servet, Paracelse, André Vésale, tout en réformant le classique Galien, dont il modifie profondément la pathologie. En première instance, il définit la maladie comme une « affection » du corps vivant (morbus est affectus contra naturam corpori insidens), ensuite, bien qu’il distingue les maladies des parties similaires des maladies des parties organiques, il prend un soin particulier à rappeler que la maladie affecte la substance entière (affectus totius substantiæ). Il établit aussi une distinction, que personne n’avait faite avant lui, entre l'« affection » maladie et l'« affection » symptôme.
Dans son traité De abditis rerum causis, 1548, Fernel décrit les maladies épidémiques, endémiques, virulentes et contagieuses dont la syphilis, l’éléphantiasis et la rage, très négligées par la littérature médicale de son temps. Il développe une doctrine étiologique selon laquelle les maladies contagieuses épidémiques et pernicieuses ne se propagent que s’il existe des prédispositions dans la population. Enfin il crée le terme de physiologie et s’intéresse à la « chaleur innée », que nous appelons aujourd'hui température corporelle.
Jean Goulin cite 87 éditions des œuvres de Fernel sans prétendre toutes les connaître.
Les œuvres de Fernel sont en latin.